博洛尼亚足球俱乐部的建立是由奥地利人艾米里奥·阿尔斯坦一手促成，俱乐部于1909年10月3日在意大利北部城市博洛尼亚成立，初时名为“AGC博洛尼亚”，当时采用的红蓝间条球衣源自水晶宫。于1910年3月20日进行首场比赛，以9-1大胜同市球队“维鲁斯博洛尼亚”。

博洛尼亚历时早期成绩不错，但后来慢慢衰落，升升降降，不太稳定。2007/08年赛季博洛尼亚找来丹尼尔·阿里戈尼带领球队，最终不负众望，取得联赛亚席直接升班意甲。

2011-2012赛季博洛尼表现不错，赛季后半程发力取得第9名的成绩。